스도쿠의 역사는 1892년까지 거슬러 올라간다. 프랑스의 일간지 《Le Siècle》가 두자리 숫자를 이용한 스도쿠와 같은 방식의 퍼즐을 게재했다. 1895년에는 다른 일간지 《La France》가 한 자리 숫자로 9×9의 바둑판을 채우는 퍼즐을 게재했지만, 여기선 3×3블록 룰은 없었다. 이 퍼즐들은 이따금 프랑스 몇몇 신문에 매주 게재되었지만 얼마 안 가서 제1차 세계대전 전후로 그 모습이 사라졌다.
스도쿠(Sudoku)는 18세기 스위스 수학자 레온하르트 오일러가 창안한 Latin Square 를 기반으로 하여 1979년 당시 74세의 건축가였던 미국의 Howard Garns가 현재의 모습으로 변형하여 1979년 5월 미국의 델 매거진즈(Dell Magazines)가 잡지 《Dell Pencil Puzzles & Word Games》에 "Number Place"로 소개된 것이 시초이나, 1984년 4월 일본의 출판사인 니코리(ニコリ, Nikoli)가 출판한 잡지 《퍼즐 통신 니코리》(パズル通信ニコリ)에 스도쿠라는 이름을 붙여 수록하면서 대중에게 보급되기 시작하여 2005년 무렵에 이르러 온 세계로 퍼져 나갔다.